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OpenChrom软件使用介绍3_文件检索
上次说过OpenChrom是一款用于色谱,质谱,光谱等数据处理开源软件。可以处理不同仪器厂家的数据格式,支持通用格式。可以用于不同的电脑操作系统,例如Windows,macOS,Linux。前面介绍了初步使用的流程和方法,核对质谱结果。本篇介绍谱库文件检索。
1. 谱库文件检索设置
要使用文件检索功能,需要一些相应的设置。点击工具栏的Preference或Window菜单下面Preference,进入个性化设置。
路径:
Chromatography/Spectrometry----Identifier>Identifier (MSD)>File Identifier打开File Identifier。
图1 打开文件检索设置
2. 添加检索的谱库文件
点击右上角的Add DB(file)。
图2 添加谱库检索文件
可以用于文件检索的库谱格式有NIST检索谱库的NIST MS(*.db),岛津谱库(*.spc),NIST Text(***.msp),Amdis谱库(***.msl)等13种格式。请参考图2的文件格式选择。
在相应的文件夹找到需要添加的谱库文件。例如NISTFF.MSL,点击open,这样就检索文件添加到系统。
图3 添加谱库检索文件
例如添加岛津的***.SPC,在岛津谱库文件夹找到NIST*.SPC,Open。同理,或者添加NIST检索谱库NIST.db。
图4 添加岛津谱库和NIST谱库
对最低匹配度,阈值,检索结果个数(例如3),正向和反向匹配度等进行设置。Apply and Close。
3.
GCMS数据检索
流程如下:
调用
GCMS数据文件,参见前面第一篇文章。
峰检出,在色谱上面右键点击,Peak Detector>First Derivative。
峰积分,在色谱图上面右键点击,选Peak integrator>Peak Integrator Trapezoid。参见前面第一篇文章。
峰鉴定,在色谱图上面右键点击,选Peak Identifier>Library File(MS)。
图5 谱库文件检索1
图6 谱库文件检索2
点击Finish,
图6 谱库文件检索运行
检索运行完毕,就可以看到在峰顶已经有化合物名称标记了,在可以在左上角看到peak/scan list看到鉴定的化合物名称了,在左下角的target看到检索到化合物的信息。
图7 文件检索检索结果
第三部分完。