CPTAC是癌症临床蛋白质组学技术自发组织(CPTI)的三个重要组成部分之一,是2006年由美国国家癌症研究所资助的五年计划。CPTAC自发组织的目标是建立那些用于癌症诊断、治疗和预防的先进蛋白质生物学的技术、数据、试剂、参考物质以及分析系统的基础。CTPAC建立了表6列出的五个团队的合作网络。这五个多元化的小组是根据他们蛋白质组学的专业经验和技术水平挑选出来的。这些小组的研究目标列于表6。自合作之日起,CTPAC已经建立了8个工作组研究蛋白质组学研究中所关心的特定问题(见表7)。在这些工作组中,最活跃的一个是无偏见的发现工作组(Unbiased Discovery working group),这个工作组的工作任务是为故障排除、记录系统的性能以及建立系统适应性提供量化指标。对由NIST分配的20个蛋白混合物的最初研究显示,参与实验室之间存在着广泛的差异性,他们已经做出了努力去找出不确定因素的来源。接下来,将酵母蛋白组作为一个评估不确定性和建立标准操作规程(SOPs)、协议及建立减少不确定性方法的复杂样本。线性离子阱质谱(LTQs,赛默飞世尔科技,沃尔瑟姆,马萨诸塞州)或LTQ Orbitrap系统被选为LC–MS平台的基础设备。采用44个系统性能量化指标来监测平台的单个元素。这些指标可被分为几组,依据色谱的性能、MS1 (母离子)信号、MS2(碎片离子)信号、动态采集和多肽鉴定。[5]多个实验室在量化指标上的不同可指示出:哪一个系统组件对于标准化是最不利的。对实验室间上述量化指标的监控,绘制了“仪器健康图”来识别何时性能失控。[6]使用上述量化指标来表征LC–MS-MS的性能将为实验室表现指标、改善方法及评价新技术方面提供依据。
CPTAC“目标性验证”工作组正在利用
液相色谱-多反应监测质谱(LC–MRM-MS)来评价血浆中蛋白质定量性能的研究。[7]上述多个实验室的研究正在鉴定不确定因素的来源,同时利用美国应用生物系统公司(福斯特市,加利福尼亚)的Q-Trap和Thermo的Quantum三重四极杆质谱,来研究LC–MRM-MS分析多肽时的性能特点。
蛋白质组学固定运动
固定蛋白质组学是一个基于网络、非商业的、依靠技术的运动,致力于解决实验方面、阻碍蛋白质组学发展自己潜能方面的挑战。这一运动围绕网站( http://www.fixingproteomics.org/)展开,并通过该领域一些要人的志愿捐助而发展。这一运动由10个创始人发起,其中3个来自产业界,7个来自学术研究所。这一网站的主要面向二维凝胶电泳。
固定蛋白质组学为如何实现跨实验室结果重现性方面提供了可行性建议,跨实验室重现性包括一个蛋白质固定四步法和HUPO重现性研究规程。四步法包括:实验设计、用多个生物复制品进行试验、在实验室内部确认试验的结果,以及确认其是否具有跨实验室的重现性。对于四步法的详细介绍包括在数据分析过程中出现的问题和定量蛋白质组学实验设计两个方面的问题。还包括两个商业化蛋白质组学标准方面的信息、蛋白质质谱通用蛋白质组学标准(西格玛奥德里奇,圣. 路易斯,密苏里州)和HUPO黄金质谱蛋白标准(英杰生命技术公司,加利福尼亚)。
固定蛋白质位点的特征是制定详细的蛋白质组学实验规程。包括利用一维聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)和串联质谱分析蛋白质混合物的规程;二维凝胶电泳(2D PAGE)前细胞和组织的制备规程;2D PAGE的通用规程,并且,诺华制药生物医药研究所正在制定利用二维凝胶电泳分析海拉(Hela)细胞标准规程。这一网站同时展示两个关于二维凝胶电泳重现性研究的报告,报告介绍了五个实验室分析一对流感嗜血杆菌溶解物的结果。这一站点还提供一些出版物的链接,包括研究论文、国内和国际会议的海报(Posters)以及《科学》、《自然》等期刊中与固定蛋白质组学运动有关的报告。
固定蛋白质组学网站的设计是互动的,登录站点的浏览者被邀请提供反馈并对与蛋白质组学和可能的解决方案有关的问题提供相关信息。