主题：【资料】信息技术与分析化学(36讲 待续)

信息技术与分析化学（32）: 数据库资源—综合性数据库 
1.1.3 Entrez系统
    Enterz是由美国 NCBI（National Center for Biotechnology Information）建立的一个生物、医学专业的具有综合服务功能的数据库系统。它的主页地址为：
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Enterz／
    该系统提供下列内容的查询与服务：
    Nucleotides，核苷酸
    Proteins，蛋白质
    3D structures，三维结构.
    Genomes，基因组
    Taxonomy，分类检索
    Literaures-PubMed，文献检索
    NCBI由下列数据库构成：
    PubMed database，文献数据库
    Protein database，蛋白质数据库
    Nucleotides database，核苷酸数据库
    MMDB 3D Strutures database，三维结构数据库
    Genomes database，基因组数据库
    利用该系统可方便地进行文献检索、生物化学物质以及它们的结构检索等。另外，该系统还有一个特点是具有相互关联功能，根据检索的结构可给出相关的结构链接和与该结构有关的文献链接等。
1.1.4 国内数据库资源简介
    国内的数据库资源发展很快，在“中国数据库（http://www.chinadatabase.com.cn／）”的索引中就有254个链接，包括天文、地理、社会科学、自然科学等各个领域的数据库，以下为与化学工作者相关的一些数据库：
    Chinainfo（万方数据库中心），http://www.chinanfo.gov.cn／database
    中国科学院科学数据库，http:// www.sdb.ac.on，http:// www.sioc.ac.cn／
lccdb／sjk.htm
    中国科技信息中心数据库检索服务，http:// 168.160.24.11/htbin／tripnet等等。

信息技术与分析化学（33）: 数据库资源—化学信息数据库

2 化学信息数据库
    化学信息数据库的内容仅局限于与化学有关的学科知识，其中化学结构库在化学类数据库中占有很高的比例，是化学类数据库中较大型的数据库，如
    剑桥结构数据库（CSD），http://ccdc.cam.ac.uk／
    布鲁克海文（Brookhaven）蛋白质数据库，http://www.pdb.bnl.gov
    Rutgers大学的核酸数据库，http://nbserver.rutgers.edu：80
也有范围较小的专业数据库，如：
    有机化合物数据库，http://www.colby.edu／chemistry/cmp/cmp.html
    化学危险品数据库，http://ull.chemistry.nakron.edu／erd／
    纳米技术数据库，http://itri.loyola.edu／nanobase／
    生物大分子晶体结构数据库，http:// ibm4.carb.nist.gov：4400／bmcd/bmcd.html
    澳大利亚蛇毒和毒素数据库，http://www.uq.edu.an／～ddbfry／
    WWW化学结构数据库，http://www2.ccc.uni-erlangen.de/services/webmol.htm
    化合物基本性质数据库，http://chemfinder.camsoft.com／
    NIST的Chemistry WebBook，http://webook.nist.gov／chetmstry／等等。
2.2.1 剑桥结构数据库
    剑桥结构数据库（Carnridge Structural Database，CSD）是剑桥晶体结构数据中心（Camridge Cystallograhic Data Centre，CCDC）建立的有机和金属有机化结构的数据库。目前该数据库有 180 000种有机和金属有机化合物的晶体结构数据，这些数据均经过了X射线或中子衍射实验的分析。目前，以CSD为核心，CCDC提供了另外两个数据库（美国Brcokhaven国家实验室的Brookhaven的蛋白质数据库PDB和Isostar关于非键相互作用的数据库）共同构成了CSDS（Carnridge Structural Database System）系统。
    CCDC的主页地址为：
    http://www.ccdc.cam.ac.uk／
    CSDS提供结构数据是收费服务，可直接与它们联系（deposit＠ccdc.cam.ac.uk），也可以通过它们的代理联系。CCDC在世界各地有许多代理部门，目前在中国的代理是中国科学院化工冶金研究所（http:www.icm.ac.cn）。

信息技术与分析化学（34）: 数据库资源—化学信息数据库 
2.2.2 布鲁克海文蛋白质数据库
    布鲁克海文（Brookhaven）蛋白质数据库 PDB（protein data bank）是生物大分子的三维结构数据库，它包括原子坐标、文献出处、一级序列和二级结构信息、晶体结构因子以及2D-NMR实验数据，涉及的大分子包括蛋白质、DNA、RNA、病毒糖类等。该数据库的服务主页地址为：
    http://www.pdb.bnl.gov
    该数据库在国内有镜像服务器，位于北京大学的生物信息服务中心，服务地址为：
    http://www.cbi.pku.edu.cn／database.htm;.
2.2.3 核酸数据库
    核酸数据库（nucleic acid database）即美国 Rutgers大学的核酸晶体结构数据库，可以通过e-mail、匿名FTP、WWW和Gopher等途径访问，服务器的地址分
别为：
    ndblib＠ndbserver.rutgers.edu
    ftp：// ndbserver.rutgers.edu
    hap：// nbserver.rutgers.edu：80
    gopher：// ndb.rutgers.edu
    该数据库的使用非常方便，对于不熟悉的用户处处都可以得到帮助信息。例如用 FTP方式访问时，进入每一个目录后，都可得到非常详细的帮助信息，说明每个子目录的文件内容。直到进入最终的结构数据目录，从文件列表中挑选所需要的文件即可下载。

信息技术与分析化学（35）: 数据库资源—化学信息数据库 
2.2.4 化合物基本性质数据库
    化合物基本性质数据库（CS ChernFinder）是 CambridgeSoft公司 1995年 11月在Internet上推出的网络服务，通过该主页可以按化合物的分子式、英文名称、CA登录号和化学结构进行查询，得到该化合物的基本性质，包括分子结构、相对分子质量、熔点、沸点、密度、溶解度等以及该化合物的生产厂家、包装说明及购买方法。目前，该数据库的化合物已超过5万种。
    CS ChernFinder的主页地址为：
    http:// chernfinder.camsoft.com／
2.2.5 NIST的Chemistry WebBook
      Chemistry WebBook是美国国家标准与技术研究院NIST基于Web开发的物质数据库，首次发布于 1996年 8月。Chemistry WebBook可以看作是 NIST标准 数据库（Standard Refernce Data）中与化学有关的数据库。
    Chemistry WebBook的主页地址为：
    http://webbook.nist.gov/chemistry/
2.2.6 化合物谱图数据库
    结构解析是化学家的基本任务之一，计算机辅助结构解析则一直是计算机化学的重要研究内容。结构解析的主要依据是UV-Vis、IR、NMR和MS四大谱图，因此如何利用计算机存储和检索化合物的谱图具有非常重要的意义。目前，在国内外的Internet网站上已出现了许多谱图数据库，但真正能够在科研工作中使用的还不太多。
    上海有机化学研究所制作的红外光谱数据库于1998年12月完成，其访问地址为：http//www.sioc.ac.cn/lccdb／sjk或 http://202.127.145.67／ows-doc／irdoc/irlogin.htm。该数据库目前已拥有72 582张红外谱图，可以按化合物名称和分子式进行检索，得到该化合物的红外光谱、分子的二维和三维结构以及其他一些信息。

信息技术与分析化学（36）: 数据库资源—网上化学手册 

3 网上化学手册
除上述介绍的数据库以外，在Internet上还有一些提供常用数据的网站。严格地讲，它们并不是真正的数据库，但它们可以向化学工作者提供非常重要的常用数据，对化学工作者具有十分重要的意义。
3.l 物理化学常数
物理化学常数是化学工作者常用的数据资料，但很难把它们全部记住，去图书馆翻阅手册是常用的方法，但是不仅费时费力而且在某些情况下是不可能的。利用网上资源是一个非常方便而又快捷的手段。以下给出几个物理化学数据资源的有关地址：
http://Physics.nist.gov／（美国国家标准和技术研究所物理实验室主页）
http://physics.nist.gov/cuu/Constants/index.html（物理化学参数搜索或查找。
http://physics.nist.gov/cuu/Constants/links.html（其他数据站点的链接）
http://www.chemie.fu-berln.de／chemistry／general/constants_en.html
http://www-personal.umich.edu／～sanders/（在constants.h中提供了包含常用物理化学参数的C语言文件）
读者可参考利用。在这些主页中除物理化学常数以外，还可以找到国际单位制的有关知识以及单位换算的有关内容。
3.2 化学元素周期表
化学元素周期表是化学工作者经常使用的工具，英格兰Sheffield大学化学系Mark Winter博士制作了全面而又精致的化学元素周期表，称为“web-elements“。其网址为：
http://www.shef.ac.uk/chemistry/web-elements

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