以PCR为基础的分子标记技术将广泛用于转基因生物及食品的检测(Kary,B.等,1994;Boyce,O.等,1998;Nobuaki,S.等,1998;Hoef van A.M.A.等,1998;Hupfer,C.等,1998)。它既可定性又可定量,比以蛋白质为基础的免疫检测法敏感100倍。但该技术的检测结果也有可能是不相同的。其可信性和敏感性受DNA的抽提和纯化,DNA的PCR分析技术,PCR反应产物的电泳分析三个因素的影响,其中DNA的纯化和抽提是关键。如果DNA降解和受污染,检测结果就达不到预期的检测结果。若同时存在DNA降解和污染物,就有可能出现假阴性结果,即检测物本身含有转基因物质,而未检出。而当污染物存在时,就可能出现假阳性结果,即本身未有转基因物质,而测出有转基因成份。所有这些结果均可能导致食品销售或购买者的经济灾难。
Robert,M.(1999)报告,值得注意的是转基因生物转变为食品需重重加工,可有效地除去DNA成份,人们最终食用的部份大多根本不含新增基因。在这个意义上,转基因食品失去了所有曾加入的基因的记忆。如基因改良大豆含有除草剂基因,炼出的豆油经检测却不含任何经基因改良的DNA残余,而未精炼的豆油里还可发现蛋白质的痕迹,精炼的过程完全可以把它去除。从而增加了食品中检测转基因成份的难度。食品转基因成份的检测关键问题是,食品中含有盐、油、糖和其他蛋白质,加工后的食品在DNA的抽提过程中,要保证其DNA的纯度,不受污染和降解。
欧盟JRC提出的1998环状试验法几乎44%的实验室不能完全对GMO的DNA的分析。
John,B.Fagan(2000)介绍了一种新方法,基因ID法可避免上述结果的出现,采用异硫氰酸胍盐抽提法可避免DNA的降解和污染,此法费时又非常昂贵。而其它水溶性法则无法避免。基因ID法有以下优点:1,能对进入市场的GMO进行检测;2,具有三级检测系统,只有3个GMO特异引物均为阳性时,才能判为转基因成份的存在;3,样本用量大,比常规方法大10倍,许多实验室仅用能满足统计学分析的样本量;4,快速准确定量,3天或3天以内可得出定性或定量的结果;5,广泛用于食品的检测,不仅能对原材料,还能对加工后的不同食品进行检测;6,快速,36-24小时或3个工作日内可得出结果。因其相当精确和可信,认为具有国际领先水平。
此法已用于豆类和玉米及其衍生物,如整形玉米、豆餐、玉米胚、豆花(去脂和未去脂)、玉米粉、非烤豆粉、油煎玉米副产品餐、加工及完全脂性未烤豆粉饼、去脂烤豆粉、玉米面筋丸(正在改进电泳技术)、浓缩大豆蛋白、玉米糊产品、大豆分离蛋白、大豆外壳、豆乳(冻干和液状)、豆乳酪(冻干和液状)、大豆卵磷脂、豆油、豆子叶、豆类婴儿食品、豆芽、豆腐、豆类香肠等基因成份的检测。
所有的检测方法均以样品中含GMO少于XX%报告之。不能对整批货物或生产线上的GMO准确定量。
美国ADM公司集团称,该公司建立了一套农作物身份识别系统,可以保证向国外供应农产品时,不含基因作物。