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益生菌被正式定义为：
口服益生菌是指通过一定数量的消化可以发挥超出基础固有营养素的有益健康功效的活的微生物。
更普遍的定义为：
益生菌为通过改善肠菌落平衡而对寄主产生有益作用作为添加补充剂的活的微生物。
益生菌的名字来源于希腊文字“生命前”在过去的十年中被以很多不同方式命。但总的来说他被指定为对寄主健康有益的细菌类产品。
用于定义三个主要方面 :
这就意味着，这些益生菌必须可以抵抗酸（胃），胆汁，在厌氧环境下生长和无毒性。这些标准限制了一下这些细菌的株类和种类：乳酸杆菌，链球菌和双歧杆菌。尽管一些其他菌种可以在有些情况下被使用（如动物营养中的酵母与杆菌属）。上述三种菌都属于乳酸菌的一部分，它们自然的存在与动物肠组织和发酵的乳制品中。
双歧乳酸杆菌（Lactobacillus bifidus);改名已于 1969 年被废除且不能被用于科学词汇。使用此名的生产者并没有跟上时代。此菌现用为包含 22 种菌种的双歧杆菌属。改名称就像乳制品应还有奶一样的重要。或是类推到汽车的例子，出售德国汽车的车行并不提供任何型号与功能的信息。
干链球菌发酵物（Streptococcus faecium)；该名在 80 年代被废除。现在正确的名称为微肠球菌。由于此菌也属致病菌，所以正确的名称与编号的使用是至关重要的。
幻想名为被发现非法用于益生菌制品中但实际并不存在的菌名。
孢子乳酸杆菌（Lactobacillus sporogenes)； 为幻想名，并不存在以此命名的菌种。据称其产生孢子。但根据定义乳酸杆菌并不产生孢子。不知道哪种菌种产此细菌。这个被生产者使用的名字其实是孢子型乳酸菌株（Bacillus coagulans） 为不存在与人体肠胃中的土生细菌。而且并没有用于做过人体试验。该菌也可能是梭状芽孢杆菌（Clostridium sporogenes）一种产孢子的人体致病菌。
Lactobacillus caucasicus;另一个幻想名，完全不知道由哪一菌种而来。
任何含着两种菌种的健康产品是不应存在的，任何包含着两种菌的文献是不可靠的。没有微生物或药品刊物包含不存在的菌种。
嗜酸性干酪乳杆菌（Lactobacillus acidophilus casei） 应该是嗜酸性乳酸杆菌或是干酪乳酸杆菌。
原文由 雾非雾(mcds) 发表:
酵母菌算不算益生菌？
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