主题：【分享】Genecolour 荧光染料-EB完美替代品

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genebio

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发表于：2012/02/06 11:30:36 楼主管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

EB

溴化乙锭（Ethidium bromide）、是一种高度灵敏的荧光染色剂，用于观察琼脂糖（agarose）和聚丙烯酰胺凝胶中的DNA。溴化乙锭用标准302nm 紫外光透射仪激发并放射出橙红色信号，可用Polaroid 底片或带CCD成像头的凝胶成像处理系统拍摄。　　观察琼脂糖凝胶中DNA最常用的方法是利用荧光染料溴化乙锭进行染色，溴化乙锭含有一个可以嵌入DNA堆积碱基之间的一个三环平面基团。它与DNA的结合几乎没有碱基序列特异性。在高离子强度的饱和溶液中，大约每2.5个碱基插入一个溴化乙锭分子。当染料分子插入后，其平面基团与螺旋的轴线垂直并通过范德华力与上下碱基相互作用。这个基团的固定位置及其与碱基的密切接近，导致与DNA结合的染料呈现荧光，其荧光产率比游离溶液中染料有所增加。DNA吸收254nm处的紫外辐射并传递给染料，而被结合的染料本身吸收302nm和366nm的光辐射。这两种情况下，被吸收的能量在可见光谱红橙区的590nm处重新发射出来。由于溴化乙锭-DNA复合物的荧光产率比没有结合DNA的染料高出20-30倍，所以当凝胶中含有游离的溴化乙锭（0.5ug/ml）时，可以检测到少至10ng的DNA条带。　　溴化乙锭可以用来检测单链或双链核酸（DNA或RNA）。但是染料对单链核酸的亲和力相对较小，所以其荧光产率也相对较低。事实上，大多数对单链DNA或RNA染色的荧光时通过染料结合到分子内形成较短的链内螺旋产生的。　　尽管在该染料存在的情况下，线状DNA的电泳迁移率约降低15%，因此，当需要知道DNA片段的准确大小（如DNA限制酶酶切图谱的鉴定），凝胶应该在无EB情况下电泳，电泳结束后用EB染色。染色完毕后，通常不需要脱色。但是在检测小量DNA（小于10ng）片段时，通常要将染色后的凝胶进行脱色。

损害

　　溴化乙锭可以嵌入碱基分子中，导致错配。溴化乙锭是强诱变剂，具有高致癌性！　　SYBR Green I和溴化乙啶（EB）Ames 测试结果显示EB容易引起有机体突变。(Singer et al., Mutat. Res. 199, 439: 37- 47.)

Genecolour I核酸染料特点

● 无毒性：Genecolour I 独特的油性和大分子量特点使其不能穿透细胞膜进入细胞内，艾姆斯氏试验结果也表明，该染料的诱变性远远小于EB。

● 灵敏度高：适用于各种大小片段的电泳染色，对核酸迁移的影响小于SYBR Green I。

● 稳定性高：适用于使用微波或其它加热方法制备琼脂糖凝胶；室温下在酸或碱缓冲液中极其稳定，耐光性强。

● 信噪比高：样品荧光信号强，背景信号低。

● 操作简单：与 EB 一样，在预制胶和电泳过程中染料不降解；而电泳后染色过程也只需30 分钟且无需脱色或冲洗，即可直接用紫外凝胶透射仪观察。

● 适用范围广：可选择电泳前染色（胶染法）或电泳后染色（泡染法）；适用于琼脂糖凝胶或聚丙烯酰胺凝胶电泳；可用于 dsDNA、ssDNA 或 RNA 染色。

● 与EB有相同的光谱特性，无需改变滤光片及观察装置：标准的 EB 滤光片或 SYBR 滤光片都适用，使用与观察EB相同的普通紫外凝胶透射仪观察即可，在 300nm 紫外光附近可得到最佳激发。但是Genecolour I不能被488 nm氩离子激光器或相似波长的可见光完全激发，因此不推荐使用此类激发装置的成像系统。对于此类装置，我们推荐您使用Genecolour II（Cat# 011或012），它和SYBR Green I的光谱相似，灵敏度相当，但更加稳定。

GENECOLOUR使用方法简介

1．胶染法（用法同EB）（推荐方法）

（1）制胶时加入Genecolour I核酸染料（例如：每50mL 琼脂糖溶液中加入5μL Genecolour I10,000× 储液，

以此比例类推）。

（2）按照常规方法进行电泳。

注意事项：

u 此方法染色染料用量相对较少。500 μL染料大约可以做100块 50mL的胶。

u 由于Genecolour I具有良好的热稳定性，可以在热的琼脂糖溶液中直接添加，而不需要等待溶液冷却。摇晃，振荡或者翻转以保证染料充分混匀。也可以选择将Genecolour I储液加到琼脂糖粉末和电泳缓冲液中，然后用微波炉或其他常用方式加热以制备琼脂糖凝胶。Genecolour I兼容所有常用的电泳缓冲溶液。

u 如果总是看到条带弥散或分离不理想，建议使用泡染法染色以确认问题是否与染料有关。如果染色后问题依旧存在，则说明问题与染料无关，请尝试：降低琼脂糖浓度；选用更长的凝胶；延长凝胶时间以保证边缘清晰；改进上样技巧或选择泡染法染色。

u 此方法不适合预制聚丙烯酰胺凝胶，对于聚丙烯酰胺凝胶请使用泡染法。

2．泡染法

（1）按照常规方法进行电泳。

（2）用H2O将Genecolour I 10,000× 储液稀释约3,300倍到0.1M NaCl中，制成3× 染色液。（例如将15μL Genecolour I 10,000× 储液和5mL 1M NaCl加到45mL H2O中）。

（3）将凝胶小心地放入合适的容器中，如聚丙烯容器中。缓慢加入足量的3× 染色液浸没凝胶。室温振荡染色30min左右，最佳染色时间根据凝胶厚度以及琼脂糖浓度不同而略有不同。对于含3.5～10％丙烯酰胺的凝胶，染色时间通常介于30min到1h，并随丙烯酰胺含量增加而延长。

注意事项：

u 用泡染法染色时，染料用量较多。单次使用的染色液可重复使用3次左右。

u 3×Genecolour I染色液可以大量制备，在室温下避光保存直至用完。

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