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主题：【求助】请教topas中的restrain: Distance_Restrain

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pertplus
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发表于：2015/10/06 19:18:42 楼主 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
刚开始用topas解分子材料结构，模拟退火时用了restrain限制，键长还基本合理： Distance_Restrain(C17 C30, 1.53, 1.58361`, 0.05, 5)
可是做Ritveld精修时就好像完全没这个限制一样，  Distance_Restrain(C17 C30, 1.53, 1.73079`, 0.05, 10)
  penalties_weighting_K1 10
两个碳原子之间的距离超出了合理范围。 请教下专家为什么精修时这个限制作用有限？ 如何在精修中限制这个距离？ 谢谢
刚体模型是三个苯环之间包围形成了一个五边形碳环（非正五边形，而且应该变形离正五边形变形较大）
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2015/10/7 12:19:30 沙发 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
楼主怎么解结构啊？我只知道修原子占位和温度因子等，可以设最大值和最小值，以及设一个x，1-x，来限制...
我QQ553522178，如果不嫌弃，咋俩可以一起讨论一下
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pertplus
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2015/10/7 18:55:54 板凳 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
我解分子材料，类似MOF，先用NMR确定大概分子结构，然后在XRD分析中建立分子的刚体模型，用模拟退火方法解结构，因为反应之后分子的键长键角都有变化，所以用restrain/constrain来限制
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iangie
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2015/10/8 11:22:39 马扎 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
原文由 pertplus(pertplus) 发表:
我解分子材料，类似MOF，先用NMR确定大概分子结构，然后在XRD分析中建立分子的刚体模型，用模拟退火方法解结构，因为反应之后分子的键长键角都有变化，所以用restrain/constrain来限制


如果你要用绝对的边界，min max不是更好？
Distance_Restrain 提供的是一个柔性的边界， 当键长超过限制时，penalty将会以二次函数形式升高，但不是立马到正无穷。

Penalty 修饰收敛目标函数 wscale 表示该penalty的权重，如果你只有一个 Penalty 的话， 那么它和K1值100%相关。
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