主题:【已应助】topas结构精修后怎么查找bond length呢

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Insm_b4db83d2
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对磷酸铁锂进行了充放电的原位XRD测试,精修后能够得到晶胞a,b,c的变化规律。现在想了解一下这个过程中磷氧键的键长变化趋势,想请教大家怎么样可以得到键长变化的结果呢?谢谢!

另外使用TOPAS批量精修原位的测试,经常发现过程中精修的不稳定,比如相含量比例一直在发生波动,Rwp数值很小,但是修的图谱质量不行。这种应该怎么考虑限制哪些精修参数来获得稳定的精修结果呢?
最佳答案:leiws回复于2021/02/15
直接append_bond_lengths来一行不就好了?
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leiws
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直接append_bond_lengths来一行不就好了?


运行后,程序提示这个错误:

Cannot locate: do_bond_lengths in data structures
wangjunyu
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原文由 wangjunyu(wangjunyu1113) 发表:
上传一个相关资料给你参考一下。


大神您好,不知道为什么,这个附件提示无法下载:

对不起,该附件未验证无法下载!




再次蹲....有没有知道怎么读取键长键角的大神呢...
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原文由 leiws(leiws) 发表:
直接append_bond_lengths来一行不就好了?


最近又摸索了一下明白了,按照leiws的方式,写一行

append_bond_lengths

在INP文件的晶体结构后面,就会在最后的out文件中输出键长和键角了

我之前以为可以直接输出到某个盘的txt文件里,在后面加了一个文件名,所以会报错

在GUI界面下,可以在Str output里面选择 generate bond length这个选项,然后再计算一次,也会得到键长键角信息。




那么问题来了,如何尝试将键长键角信息单独输出到txt文件呢~
leiws
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原文由 Insm_b4db83d2(Insm_b4db83d2) 发表:

最近又摸索了一下明白了,按照leiws的方式,写一行

append_bond_lengths

在INP文件的晶体结构后面,就会在最后的out文件中输出键长和键角了

我之前以为可以直接输出到某个盘的txt文件里,在后面加了一个文件名,所以会报错

在GUI界面下,可以在Str output里面选择 generate bond length这个选项,然后再计算一次,也会得到键长键角信息。




那么问题来了,如何尝试将键长键角信息单独输出到txt文件呢~





问题越来越有趣了

----------------------------------------------------------


还有这个命令,在inp代码里加一行

Out_CIF_Bonds_Angles(XXX.txt)

----------------------------------------------------------


前提需要你在topas.inc或是local.inc里面补充一个宏代码

macro Out_CIF_Bonds_Angles(file)
{
  out file append
      Out(Get(cif_bonds_angles), "%s")
}


----------------------------------------------------------


这个应该能满足你的需求,我要是没理解错你的帖子的话


Insm_b4db83d2
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前辈使用的是哪一个版本的TOPAS呢?

我使用的是TOPAS 4-2

尝试了一下,提示: Cannot locate cif_bonds_angles from eqn in data structures

感觉报错原因就是,无法找到Get(cif_bonds_angles)这个变量/函数?

请问您是在哪一版的TOPAS里面使用的这个宏呢?

感谢您的回复!

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2021/2/25 20:44:10 Last edit by Insm_b4db83d2
leiws
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先在local.inc 里面添加宏代码
然后再运行;V4我没有试过, V5 6 7都没问题
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原文由 leiws(leiws) 发表:
先在local.inc 里面添加宏代码
然后再运行;V4我没有试过, V5 6 7都没问题


可能的确是版本的问题吧。

我在topas.inc和local.inc里面都添加了一下试了试,都不大行。

报错是一样的。都是cannot locate cif_bonds_angles from eqn in data structures



就输出到out文件里面看吧,也能看,哈哈哈

感谢您!
leiws
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原文由 Insm_b4db83d2(Insm_b4db83d2) 发表:

可能的确是版本的问题吧。

我在topas.inc和local.inc里面都添加了一下试了试,都不大行。

报错是一样的。都是cannot locate cif_bonds_angles from eqn in data structures



就输出到out文件里面看吧,也能看,哈哈哈

感谢您!
保留上面那个宏;用我的这个local.inc 文件覆盖你原来的运行试试