主题：【第十六届原创】OpenChrom软件使用介绍1

OpenChrom软件使用介绍1

OpenChrom是一款用于色谱，质谱，光谱等数据处理开源软件。可以处理不同仪器厂家的数据格式，支持通用格式。可以用于不同的电脑操作系统，例如windows，macOS，Linux。

软件支持格式如下:

Agilent ChemStation FID (*.D/ *.ch)
Thermo/Finnigan FID (*.dat)
Thermo/Finnigan FID (*.raw)

MassHunter (*.D/CPDET1A.CH)

PerkinElmer FID (*.raw）

Shimadzu GC10 FID (*.C0#)

Shimadzu FID (*.gcd)
Varian FID (*.run)
Agilent MSD (*.D/DATA.MS)
Agilent MSD (*.D/data01.icp)
Bruker Flex MSD (fid)
ChromTech MSD (*.dat)
Thermo/Finnigan MSD (*.cgm)
Thermo/Finnigan Element II (*.dat)
Thermo/Finnigan ICIS (*.dat)
Thermo/Finnigan ITDS (*.DAT)
Thermo/Finnigan ITS40 (*.MS)
Thermo/Finnigan MAT (*.dat)
Thermo/Finnigan RAW MSD (*.raw)
MassHunter MSD (*.D/AcqData)
NIST Database MSD (*.db)
Shimadzu MSD (*.qgd)
Shimadzu QP-5000 MSD (*.R##)
Shimadzu Database MSD (*.spc)
Bruker/Varian MSD (*.SMS)
Bruker/Varian MSD (*.XMS)
VG MSD (*.DAT_001)
Waters MSD (*.RAW/_FUNC001.DAT)
ABSciex DAD (*.wiff)
Agilent VWD (*.D/vwd1A.ch)
CAMAG VWD (*.DFM)
DataApex FID (*.PRM)
MassFinder FID/MSD (*.mfg)
MassFinder Library (*.mfl)
ABSciex Reports (*.txt)
EZChrom Reports (*.dat)
ChemStation Reports (*.ch)
  …

软件可以从https://lablicate.com免费下载。注意有64位和32位操作系统之分，请选择下载相应的版本。商业扩展板的功能更强大和更多扩展性，但是需要收费的。OpenChrom的demo如下：

图1 Demo色谱图

软件安装比较简单，按提示进行就行。安装后，会自动生成桌面快捷键。可以从快捷键启动或电脑程序栏启动。

启动后界面如下（首次启动可能需要较长时间，请耐心等待）：



图2 启动开始

图3 软件首个界面

软件除了数据分析(data analysis)外，还有TOF MS，HPLC-CAD，Demo，PCR，PCA等快捷键。点击左上方数据快捷键。

图4 软件界面

软件下载仅仅是一个exe可执行文件，无使用说明。打开软件数据分析的help，里面仅仅是一些快捷键的说明，一个几句话非常简单Tutorial。仅仅按照这些非常有限的信息，是比较难以使用软件的，除非别人培训或摸索较长时间。现和大家分享一下我使用OpenChrom的一些经验和一些基本使用方法。

1 个性化设置Preference----Configuration

软件在使用之前，需要一些相应的设置。点击工具栏的Preference或Window菜单下面Preference，进入个性化设置。

图5 Preference

图6 Window----Preference

图7 Preference

1.%2 MSD检出设置

路径：Chromatography/Spectrometry>Peak Detector>First Derivative Peak Detector>MSD

设置合适的最小信噪比Min S/N Ratio值，可以参考峰检出后积分的S/N值来设置。S/N越小，检测到的峰就越多，同时可能噪音也越大，0是所有峰。

图8  MSD检查设置

如果要解卷积检出，需要进行AMDIS（extern）设置（由于篇幅限制，请参考后续文章）。

2.%2 积分器设置

路径：Chromatography/Spectrometry>Integrator>Peak integrator trapezoid

0为TIC，也可以根据需要设置需要积分的离子。

图9 积分器设置

3.%2 设置峰鉴定（NIST Search）

路径：Chromatography/Spectrometry>Identifier>NIST(extern) Installation

使用NIST search检索，需要事先安装NIST Search软件。在电脑上面找到MSSEARCH Folder文件夹的位置放入。

图10 设置峰鉴定

另外还有File identifier文件检索等方式，可以使用Amdis的XXX.MSL格式，NIST text的XXX.MSP，岛津的XXX.SPC等格式谱库进行检索（请参考后续介绍文章）。

4 数据分析流程

4.1 GCMS数据文件调入

从Data Explorer浏览到数据文件，双击打开。例如evaldemo.d，这个数据比较简单，但方法流程是一样的。

或者从File菜单的Open Chromatogram(MSD)选择数据文件。或者建立项目来选择数据文件。

图11 GCMS数据调入

2.2 峰检出

在色谱上面右键点击，Peak Detector>First Derivative

图12 Peak Detector>First Derivative

Edit Processor Options，选择使用系统选项Use System Options，即预先preference设置的参数进行峰检出。使用Specific Options，则使用现设置检出参数。

图13 峰检出设置

点击Finish，可以看到峰顶有标记

图13 峰检出

2.3 峰积分

在色谱图上面右键点击，选Peak integrator>Peak Integrator Trapezoid

图14 峰积分

图15 峰积分

Edit Processor Options，选择使用系统选项Use System Options，即预先preference设置的参数进行峰检出。使用Specific Options，则使用现设置检出参数。点击Finish。

在工具栏点击Peaks，选择Show Peak List，就可以在左上面看到积分结果，峰面积值了。



图16

图17 峰积分

可以点击最大化maximize浏览RT，Area，峰起始时间，扫描点，信噪比，峰延申和拖尾，Area%等信息。根据S/N值来设置合适值过滤不必要的小峰或噪音。

图18 峰积分结果表

2.4 峰鉴定

在色谱图上面右键点击，选Peak Identifier>NIST(extern)

图19 峰鉴定

图20 峰鉴定

Edit Processor Options，选择使用系统选项Use System Options，即预先preference设置的参数进行峰检出。使用Specific Options，则使用现设置检出参数。点击Finish。

图21 进行NIST检索

一般需要一段时间运行NIST检索，数据越复杂，峰越多，需要时间越长。运行快慢和电脑运行速度也有关系。可以看到在峰顶已经有化合物名称标记了。

图22 峰积分

看到化合物标记的名称显示不全，可以调节色谱图的显示范围。色谱图右键，选Set Chart Range，设置合适的纵坐标和横坐标范围。

图23 Set Chart Range

图24 设置合适色谱图显示范围

图25 色谱图显示

放大色谱图结果，可以看到鉴定的化合物名称了。

图26 Peak list

以上是OpenChrom操作的基本流程。后续会进一步更新更多功能，使用技巧。