主题：【分享】【金秋计划】瓜蒌SSR标记开发及遗传多样性分析

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发表于：2024/09/08 18:32:49 楼主管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

瓜蒌Trichosanthes kirilowii Maxim别名栝楼，为葫芦科栝楼属多年生攀缘性草本植物。瓜蒌籽是良好的保健休闲食品，瓜蒌根又称天花粉，是我国传统的常用中药材，用于治疗心血管、消化系统和风湿等相关疾病，还具有增强免疫力的能力^[1-2]。其主要分布于东亚及大洋洲北部，我国各地均有分布和种植，以黄淮海地区和长江中下游地区分布野生种最多^[3]。瓜蒌属植物有80余种，我国有40多种^[4]，其染色体基数都为X＝11，但有2、4、6、8倍不同倍性（22、44、66和88），当前瓜蒌栽培种多为4倍体（44）。

由于瓜蒌是雌雄不同株的异花授粉植物，因此具有较多的杂合位点，遗传基础较为复杂^[5-6]。先前虽然有从形态、细胞和生化同工酶水平等方面对瓜蒌的遗传分类研究，但这些研究受到环境条件影响较大。从DNA水平上选用一种高效的分子标记技术对瓜蒌的种质资源进行系统的遗传进化研究，能够为瓜蒌遗传改良和杂交育种等应用奠定良好的基础。虽然目前应用了，包括随机引物扩增多态性（random amplified polymorphim DNA，RAPD）^[7]和间隔简单重复多态性（inter-simple sequence repeat，ISSR）^[8]、内部转录间隔区（internal transcribedspacer，ITS）序列^[9]和相关序列扩增多态性（sequence-relatedamplified polymorphism，SRAP）^[10-11]等分子标记作为工具对瓜蒌遗传多样性评价进行了研究，但这些标记大多为显性标记，无法评估瓜蒌的杂合位点和真实的遗传信息。

简单重复序列（simple sequence repeat，SSR）标记，不同遗传材料重复次数的可变性，导致了SSR长度的高度变异性，这一变异性正是SSR标记产生的基础。SSR标记的具有数量丰富、可广泛分布于整个基因组、有较多的等位性变异、显性标记、可鉴别出杂合子和纯合子、实验重复性好、结果可靠等优点。已被大量的实验证明是基于PCR扩增中最为高效可靠，是应用最为广泛的分子标记，是研究遗传多样性和遗传图谱构建最有力的工具之一^[12]。然而，标记的创建需要知道重复序列两端的序列信息，先前标记的开发大多数通过cDNA或者基因组测序进行。随高通量测序的飞速发展，RNA测序已成为转录分析的常用和便捷工具，无需了解物种信息，大规模发现新的转录本。可以用于非编码区域功能研究、基因表达水平研究，也可以用于SSR标记的开发等^[13]。

由于瓜蒌雌雄异株，以无性繁殖为主，品种退化和混杂严重，当前大多数品种由野生品种驯化而来，但不同品种之间遗传关系不清，亲本的选择和品种选育水平有限。通过加强瓜蒌品种的遗传关系的研究，能为瓜蒌品种选育奠定良好的基础。本研究选用不同来源的13个瓜蒌品种资源，通过RNA测序开发了瓜蒌全基因组的SSR标记，利用SSR标记研究不同资源之间的遗传关系，为明确不同品种之间的遗传关系，促进瓜蒌合理引种及育种利用提供依据。

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