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主题：【分享】REW软件（HRTEM像模拟与出射波函数重构软件）08.11.16改进版

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swimingduck
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发表于：2008/10/21 23:38:04 楼主 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
该帖子已被drizzlemiao设置为精华；
附件是我写的软件REW，具有如下功能：
（1）CTF传递函数的一维、二维分析，
（2）系列离焦像的波函数重构，包括IWFR和MAL的计算方法，
（3）由晶体结构模拟HRTEM像，支持PDB格式与软件内搭建的晶体结构。

写的不是太好，操作不慎时会出点小BUG，有的地方也没有考虑得周全，望见谅～
不足的地方请多多指教，最好是以Email形式。谢谢。


REW Program
08.11.16更新的REW执行文件

（更新说明）
08.11.16: 像模拟中：修正Debye-Waller 衰减包络。原程序的像模拟功能中，所加的Debye-Waller因子的方式有误，若计算中将DW因子都设置为0的话倒是不影响的。
（DW因子是与原子的热振动有关的因素，目前REW软件中的像模拟仍未考虑吸收因素）
附件：
08.11.16更新的REW执行文件
REW Program
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2008/10/22 4:46:26 沙发 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
很感谢楼主，下载了。正在看menu,要是有建议的话发信给你。
有个问题，附件中的文件没有后缀，应该是.rar?
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swimingduck
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2008/10/22 9:28:21 板凳 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
那个没后缀的名字叫什么？？？
我下载了下，都是正常的后缀名。
忘记了，补充说一下：
(1)运行的时候，只需要把REW.EXE和libfftw3-3.dll调用库放在同一个目录下即可；
(2)A、实验像从DM中导出为REW可读的数据格式。
读取的只能是纯数据格式，在DM软件下，使用EXPORT->DATA ONLY FORMAT的操作可以将实验像变为纯数据格式，存后的文件的字型是与在DM里面显示的图像字型是一直的。通常实验像存完后是INTEGER 2 SIGNED的字型，那么在REW中对应的也是读这样的类型。
B、REW的计算结果在REW中的打开。
REW中计算的结果一般是以REAL 4的字型来打开，如果算出来的是图像，就用DISPLAY->IMAGE打开，如果算的是复数图像，即波函数，用DISPLAY->COMPLEXIMAGE打开。
C、REW计算结果在DM软件中的打开。
在DM中打开REW的计算结果是选择IMPORT，字型通常就是REAL 4（普通图像）和COMPLEX 8(复数图像)。
(3)如果想比较迅速的知道操作的步骤，先看OPERATION 里面的AVI。我把操作抓屏了。基本步骤按照AVI来做的话，不太容易出BUG。

谢谢使用！
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iamikaruk
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2008/10/22 10:37:03 马扎 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
彭老师的学生？上周来参加fei workshop？好像我们见过面
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swimingduck
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2008/10/22 11:05:34 地毯 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
恩。不过毕业了。
你是哪位？
给点提示？
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iamikaruk
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2008/10/22 13:11:34 地板 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
原文由 swimingduck 发表:
恩。不过毕业了。
你是哪位？
给点提示？

当时麻烦你做重构来着……
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swimingduck
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2008/10/22 13:43:41 6楼 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
啊……哈哈
是那个小的吧？
我回来后把代码改了点，你们那个结构也能模拟了，波函数的相位也是发生反转了。:(
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iamikaruk
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2008/10/22 15:39:17 7楼 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
原文由 swimingduck 发表:
啊……哈哈
是那个小的吧？
我回来后把代码改了点，你们那个结构也能模拟了，波函数的相位也是发生反转了。:(

呵呵，世界真小。上次不是已经重构好了吗？是说做高分辨模拟？
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swimingduck
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2008/10/22 17:09:45 8楼 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
恩，说的是模拟呢。你们不是说我读的PDB文件可能不是普遍文件格式嘛，所以我回来就改了下读PDB文件代码的部分。现在能够读你们的文件模拟了。^_^
有模拟还是方便好多的。我经常模拟和重构都做的。

你在这里混了很久吧？看你好有币币的样子。
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怪味陈皮
ustb
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2008/10/22 21:51:34 9楼 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
,见到REW的新版本真的很高兴。我用过林芳06年底毕业前完成的那个版本，难道？？？，自己用模拟像重构试了试效果很不错。不过用实验像重构时，重构十次以后error忽大忽小，总是不收敛。我估计可能是由于的defocus和image shift的值不准确造成的。
以后有问题要多向你请教了。
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swimingduck
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2008/10/22 21:59:02 10楼 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊

忽大忽小的话，把gammar选为optimal的就不会了。算的时间稍微长点，但是保证收敛。
你可以试试里面的IWFR的方法，就是ALLEN的文章里面的。新加的。

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