主题：【求助】NIST与PBM检索有何区别？谢谢！

自己顶一下！

原文由 learner1999(learner1999) 发表:
NIST中的正反匹配度的数字代表什么含义？另外，possibility是根据正反匹配度得出来的么？鉴定结果的可靠性看匹配度还是possibility
在PBM检索中，匹配度又是怎么得来的，和nist中的有什么区别呢？
谢谢！

没人解答？我也想问呢~

也来试着顶一下。

计算正向检索（标准库的峰与未知谱对照，看看谱库中是否存在与未知谱相同的参考谱图）的相似系数，即匹配概率或匹配率（匹配度）。计算反向检索（未知谱的峰与标准库对照，看看标准谱中的各质量峰是否出现在未知谱中。忽略在谱库不存在的未知谱上的峰。）的相似系数，即匹配概率或匹配率（匹配度）。

这个匹配概率（possibility）是通过统计计算来的。曾经在一般英文书上看到，记不清了。也源于未知谱和谱库谱图之间矢量的角的余弦。

在NIST检索中匹配率最大为1000（相当PBM中100）。最好的结果是999，无峰的谱图是0。一般讲，900或更高，极好匹配; 800-900，良好匹配；700-800，尚可；低于600，差。

对正向检索来讲，任何峰只要在未知谱或标准谱中之一出现，都会降低匹配值。对反向检索而讲，任何峰只要在标准谱出现，而未知谱中没有，也会降低匹配值。

如果正向的匹配率低，反向的匹配率高，说明未知峰谱可能是混合物的谱图，或者本底干扰严重。

PBM检索也属于反检索。

PBM按各个质谱的重要性和唯一性（由检索目录决定），丰度（0-100分组），并结合分子式计算，氮规则，同位素簇模样，合理丢失，丢失中性碎片等参数进行比较，筛选比较，比较后计算相似系数。

PBM检索是一种谱库检索技术（检索程序），它可以将未知化合物的质谱和参比（标准）质谱库进行比较。MSD 化学工作站的检索流程使用基于概率匹配（PBM=probability-based matching）的算法，该算法由康奈尔大学的 Fred McLafferty 教授及其合作者共同开发。PBM 检索验证在未知质谱中是否存在参比质谱的主峰，以此来识别参比谱库中与未知化合物最相似的质谱。该算法叫做反检索，即使样品光谱包含有共流化合物，算法也能在谱库中检索到相应光谱。质谱的相似性通过称为匹配质量的量来衡量。

这种算法使用反向检索来检验未知谱中是否含有参照谱中的峰。未知谱中多余的峰被忽略，因此可以进行多种化合物的混合物谱图解析。
由于质谱中各种质荷比 (m/z) 值出现的几率不同，PBM 算法同时利用质量数和丰度值来确认参照谱中最显著的峰。谱图加入谱库后，这些峰用来产生用于 PBM 检索例程的压缩参照谱。

然后检索例程中的预过滤器给未知谱中每个峰赋以显著的值，用来查找压缩参照谱库中最可能的匹配。接着使用上述的反向检索将所选的压缩谱同完整的未知谱进行对比。预过滤器可以立即排除数据库中约 95% 的化合物，从而大大加快了检索速度（使用默认策略参数时）。

多谢symmacros的解释！
关于四种鉴定法的可靠性大小顺序，不知能否这样认为：
possibility(NIST), Match（PBM），正逆匹配（NIST）

原文由 learner1999(learner1999) 发表:
多谢symmacros的解释！
关于四种鉴定法的可靠性大小顺序，不知能否这样认为：
possibility(NIST), Match（PBM），正逆匹配（NIST）

可能不是绝对的。

在分离较好，峰的纯度较高时，几种方法给出结果的可靠性差不多。

在分离差得情况下，可以多参照一下其它检索结果帮助分析，当然最好要参照标样，保留时间或保留指数，样品来源或组成的合理性，与其它方法综合判断确认。

PBM检索算法的参考资料：

Algorithms for library search

Probability Based Matching [McLafferty et. al. ‘75]
• Confidence Value (K) instead of match factor
• Four components for each m/z
– Term 1 : U : Based on the uniqueness of a m/z value
– Term 2 : A : Intensity contribution to the confidence
– Term 3 : W : Window factor (measure of agreement)
– Term 4 : D : Dilution factor (measure of purity)
– K 􀃆 Σ (U + A + W – D) for each m/z

原文由 symmacros(jimzhu) 发表:
Algorithms for library search

Probability Based Matching
• Confidence Value (K) instead of match factor
• Four components for each m/z
– Term 1 : U : Based on the uniqueness of a m/z value
– Term 2 : A : Intensity contribution to the confidence
– Term 3 : W : Window factor (measure of agreement)
– Term 4 : D : Dilution factor (measure of purity)
– K 􀃆 Σ (U + A + W – D) for each m/z

朱老师 这个参考资料来源哪里，能给个链接吗?谢谢

原文由 blong1113(blong1113) 发表:

朱老师 这个参考资料来源哪里，能给个链接吗?谢谢

我一时记不起来，查查看告诉你。

分离度及参数设定合理下，都能得到很高的匹配度。
一个是分离度差，匹配度自然就低，还有一个是参数的设置，比如设定扫描的质量数从33开始（不是绝对的），那边低于33的离子，就都会丢失，导致匹配度降低。