主题：【第十届原创】两招解决AMDIS识别正构烷烃保留指数问题

      保留指数是气相色谱重要定性参数。气质联用虽然可以利用标准谱图检索但是同系物标准图谱非常相似而保留时间往往不同，这时候保留指数就发挥作用了。保留指数分为恒温保留指数和程序升温保留指数。
      对于沸点范围较宽的复杂组分混合物的分析，一般采用程序升温的方法。1963年Van Den Dool 等经过推算引入线性程序升温保留指数的概念。 计算公式：IT=100Z+100[RT_R(x)-RT_R(z)]/[RT_R(z+1)-RT_R(z)]  (线性程序升温)。式中：TR(x)，TR(z)，TR(z+1)分别代表组分及碳数为Z，Z+1正构烷的保留温度。且TR(z)< TR(x)<TR(z+1)。一般讲，保留温度的测量比保留时间的测定要麻烦一点。由于保留温度和保留时间通常具有高度的相关性，所以用保留时间代替上式中的保留温度来进行计算保留指数。
    AMDIS 自动解卷积软件不仅能分离重叠峰还有计算保留指数的功能，于是参照论坛上相关帖子利用AMDIS计算保留指数。在这个过程中遇到AMDIS不能识别正构烷烃的问题通过发帖再摸索终于找到解决方案。
    实验仪器：赛默飞Trace1300-ISQ  色谱柱TG-5MS （带5m保护柱）  标液 C7-C30（1000ug/ml)于正己烷。仪器条件：进样口260℃，柱温35℃以5℃/min  线性升温至260℃保持15min 接口260℃ 离子源280℃ 扫描范围29-430  分流进样 分流比30 进样量1ul
    正构烷烃出峰不错,在不到1小时出峰完全，可是AMDIS识别缺少C10，15，20，23-30（其中C10已经认出，校正文件里没认出）

      看到峰型有些前伸，考虑到用不分流衬管做分流 可能有些过载，于是稀释样品至100ug/ml，分流比设为20，程序升温速率改为4℃/min终温保持10min其余条件一样，再实验峰型是改善了，识别不全的问题仍然存在，通过修改灵敏度，分辨率，峰型要求，峰宽，最小相似度等参数，最好的结果还有6个峰没识别出来。
    第一招：直接修改后缀为CAL的文件
    直接用记事本打开CAL文件，把没识别出来的峰加进去，保存退出就可以了。比如加入C10 未改之前：

直接添加之后：

文件五列的意义分别是 保留时间，保留指数，NET值，S/N值，名称。
  第二招：考虑到识别不了，因为谱库里的图和我做的图有差异，那么直接用自己做的图做谱库那应该符合性非常好。于是自己建立正构烷烃保留指数库：
  打开标液图谱，点击菜单栏Library --Build one library 新建库选择保存类型为.CSL,点击某正构烷烃（以C28为例）把它选为红色标志：

这里 带“c”的是标定保留时间用的，之前发现很多人做的没有C10是因为默认CSL 文件没有把C10标识为"c”，下面是默认的库文件

  然后添加 化合物名称 CAS号，分子式，保留指数，在RI Calibration 里 Use for RI Calibration打钩：

就完成了C28的添加：

同法 添加所有正构烷烃标样，然后保存。在Analyze菜单选Analyze gc/MS Data  在Type of Analyze 选RI Calibration/Performance在RI Cali Lib选择自建库
点击run 结果还有几个未识别，再通过修改参数最终都自动识别出来了:



CAL 文件：

      总结：AMDIS识别正构烷烃确实不够精确，这可能跟正构烷烃质谱图类似有关，尤其是C20之后的经常不认，或张冠李戴。解决识别问题第一招直接改CAL可谓简单高效，第二招自建谱库虽然多花了些时间但对于以后换条件再标定也有用。