检验检测机构经常会接收到政府委托监督抽检，为确保政府委托监督抽检工作的有序、正常开展和工作质量的不断改进，持续不断满足政府客户的需求，检验检测机构应有相应的制度来管控。
首先应成立专门的政府委托监督抽检工作小组并指定专门负责人，以协调和加强政府委托监督抽检工作。政府委托监督抽检任务属政策性任务，涉及公共利益，应按时按量高质完成，通常不得分包。各专业实验室应相对固定从事政府委托监督抽检的技术工作人员，并尽可能保持技术人员队伍的相对稳定。对从事政府委托监督抽检的人员应进行政府文件、相关法律、法规，如：《产品质量监督抽查管理办法》、《食品抽样检验工作制度》以及工作纪律和责任心、相关产品质量监督抽检实施规范、抽样知识等方面的培训和教育，经考核合格。销售人员或客服人员代表公司与政府客户签订委托协议书，通过评审明确双方的权利、义务等内容。在接到政府委托监督抽检要求后，销售人员或客服人员依据政府抽检文件或协议要求，与政府客户确认抽检工作的重点及检测项目要求，制定具体抽样方案，该方案应包括抽样品种、数量、场所、批次，以及检验依据、检验项目和检验结果的判定原则、结果确认、抽检时间安排、经费预算等内容，客服人员预审核，技术专员审核批准。
其次抽样前应有必要的准备，需要确定具体的抽样时间、抽样地点、抽样品种、检测项目及数量，抽样依据及注意事项，与相关组织监督抽检的政府客户负责人联系，确认他们的陪同抽样人员，约好时间和地点，及联系方式；还有需要准备的物品，比如(1)封样条：印制好的不干胶封条，需要盖好公章；(2)塑料袋（最少数量：抽样量×2）：如果涉及到可能被普通塑料袋污染的样品，例如蘑菇中的荧光性物质等，需要准备食品级的不含该物质的塑料袋；(3)宽胶带：样品封完后用胶带缠在封条外边，以免封条断裂；(4)签字笔；(5)抽样单：使用政府委托部门提供的多联式抽样记录单，或者经与政府委托部门达成一致，使用机构提供的抽样记录单(6)如所抽检的样品需要冷藏，需要准备保温箱和冰袋；(7)如抽取散装样品，测试微生物项目，需准备无菌袋封装样品。
开展现场抽样时，抽样人员抽样时，应当公平、公正，不徇私情。抽样人员不得少于2名。抽样前，应当向被抽检企业出示组织监督抽检的政府部门开具的监督抽检通知书或者相关文件复印件和有效身份证件，向被抽检企业告知监督抽检性质、抽检产品范围、实施规范或者实施细则等相关信息后，再进行抽样。样品需要采集两份，一份做为检测用样，一份做为备份样品。无论是检测样品还是备份样品都需要在现场封样，封条应有抽检人的签字（两人）、被监测单位负责人签字和我单位的公章。抽取的同一个样本的不同包装需要保证生产日期及批号的完全一致。抽样单的填写和留存依据政府抽检文件进行，并进行相应的传递。遇到样品不够等，不能实施抽样时，及时通知政府委托方，协商处理。抽取的样品应向企业购买并开具正式发票。
实验室收样品时应当检查、记录样品的外观、状态、封条有无破损及其它可能对检验结果或者综合判定产生影响的情况，并确认样品与抽样单记录是否相符，对检验和备用样品分别加贴唯一性标识后安排检验和样品留存。备份样品应严格按照样品的保存条件保存。异议期结束后与组织监督抽检的政府客户商议后方可处理。保存期间不能拆分破坏封条，以备仲裁。
进行样品的检测应严格按照检测流程进行检测，保证检测数据的真实可靠。严格按照规定的时间，完成检测任务，如果和其它纯商业性的检测任务存在资源冲突时，应优先满足政府抽检的实施。
出具结果报告应依据政府抽检文件和协议的要求进行结果的报送和信息传递，严禁数据和信息泄密。
当检测数据超出判定依据出现不合格，被抽检企业提出异议时，按照政府部门的指令对备样进行复检或到有资质的复检机构进行复检，微生物项目不予复检。

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