电泳时,点样孔侧通常为阴极,而对侧则为阳极。蛋白带负电荷,所以向阳极移动,溴酚蓝也带负电荷,同样向阳极移动。溴酚蓝在不同浓度的胶内的移动速度是不同的。在0.5-1.4%浓度、0.5 X TBE的胶内其移动速率约与300bp的线状双链DNA相似。但我用的胶是3%,所以与书上不同,与更小bp的线状双链DNA相似。胶内的EB带正电荷,向阴极也就是点样孔侧移动。溴酚蓝是在电泳时起到指示电泳带的作用,就是肉眼在胶上看到时的染色条带,而EB与DNA结合才是在紫外线下发光的原因。如果电泳时间过长,会导致EB向阴极移动过多,甚至全部跑出凝胶。这样的话,含样本条带的胶内没有EB,在紫外线下电泳条带就不能发光。
错误就这样发生了,配错胶浓度,可能是1.5%,导致在同以前一样的电泳时间内,条带跑得更远,跑到EB已经向阴极移走,所以不含或含很少EB的胶内,于是在紫外线下看不到条带。