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主题：【讨论】pbm检索

浏览0 回复9 电梯直达
luos86
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发表于：2014/10/13 10:04:43 楼主 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
大家可以讨论一下PBM的检索规则吗？有的时候两个谱图明明差别很大，检索结果却显示匹配度很高。



目标色谱峰为：MCP，混有其它杂质，在峰的某个位置做PBM检索显示为：2乙酰基吡啶，匹配度高达98，但是两个质谱图明明差别很大的，请问PBM是按照什么规则检索的呢？
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2014/10/13 10:24:44 沙发 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
请问你用的是哪家的工作站。
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千层峰
jxyan
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2014/10/13 10:26:48 板凳 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
同问仪器型号？
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luos86
v2905367
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2014/10/13 10:30:30 马扎 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
已上图，见顶楼，工作站为安捷伦6890-5975
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2014/10/13 10:46:36 Last edit by v2905367
花开见我
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2014/10/13 11:57:37 地毯 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
你的第一个图是11.361处的质谱图。
第二个是2-乙酰基吡啶的质谱图，第三个是MCP的质谱图。
用PMB检索，不是只有两个图吗？一个是采集到的质谱图，一个是谱库中的。
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luos86
v2905367
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2014/10/13 12:36:20 地板 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
原文由 花开见我(cai008) 发表:
你的第一个图是11.361处的质谱图。
第二个是2-乙酰基吡啶的质谱图，第三个是MCP的质谱图。
用PMB检索，不是只有两个图吗？一个是采集到的质谱图，一个是谱库中的。


第三个是差异对比图
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symmacros
jimzhu
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2014/10/13 22:07:58 6楼 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
PBM 检索是一种谱库检索技术，它可以将未知化合物的质谱和参比质谱库进行比较。MSD 化学工作站的检索流程使用基于概率匹配（PBM）的算法，该算法由康奈尔大学的 Fred McLafferty 教授及其合作者共同开发。PBM 检索验证在未知质谱中是否存在参比质谱的主峰，以此来识别参比谱库中与未知化合物最相似的光谱。该算法叫做反检索，即使样品质谱包含有共流化合物，算法也能在谱库中检索到相应质谱。质谱的相似性通过称为匹配质量的量来衡量。
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symmacros
jimzhu
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2014/10/13 22:10:56 7楼 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
PBM属于反向检索，只要（共流峰）里面有相应的离子就可以检出了，所以匹配度都高。
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luos86
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2014/10/13 22:38:00 8楼 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
原文由 symmacros(jimzhu) 发表:

PBM属于反向检索，只要（共流峰）里面有相应的离子就可以检出了，所以匹配度都高。


原来反向检索是这个意思。那么既然是反向检索，为什么通常当色谱峰有共流出（不纯）的时候，检索的匹配度会下降比较多呢？
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symmacros
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2014/10/13 22:48:30 9楼 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
原文由 luos86(v2905367) 发表:
原文由 symmacros(jimzhu) 发表:

PBM属于反向检索，只要（共流峰）里面有相应的离子就可以检出了，所以匹配度都高。


原来反向检索是这个意思。那么既然是反向检索，为什么通常当色谱峰有共流出（不纯）的时候，检索的匹配度会下降比较多呢？


有些情况下也会收到干扰，你的这种情况是非常理想的，一般碰到这样的运气不多，要仔细分析对比。
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