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傅里叶变换原理的仪器优势在于波长准确度更高,色散扫描型仪器透射比准确度更高,如果仅对同一个样品单纯做透射比测量,会发现两种类型的仪器似乎没有可比性,此时应当以色散扫描型仪器的数据为准。当然,目前国家计量院已研制出中红外透射比的标准物质,可作为傅里叶红外光谱仪规则透射比直接测量的参考标准。
目前来说,傅里叶原理的仪器相比色散扫描原理的仪器劣势还是有不少的(具体可参见附件),作为计量级别的应用还有些困难需要解决,仅当有参考标准时,傅里叶的透射比才能进行直接测量,这也是为什么傅里叶红外不常用于精确定量分析的原因(国际级计量部门利用傅里叶红外做定量,是因为这些量值有办法溯源,普通用户缺乏溯源参考,直接用傅里叶定量较复杂)。