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主题：【已应助】【求助】气质谱图库匹配度

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826beibei

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发表于：2010/06/22 20:41:14 楼主管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

谱图库检索之后结果中会显示SI、RSI、Prob三项。请问这三项分别代表什么意思？我在文献上看到一般都是取可信度大于60%的结果。这个可信度是指Prob吗？请各位多多指教，谢谢大家！

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2010/6/22 22:52:58 沙发管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

请问楼主用什么方式检索或是工作站给出的这三项结果？

个人想，SI正向检索结果、RSI反向检索结果、Prob概率。文献上看到可信度有时候可能指某一检索的相似系数，即匹配概率或匹配率（匹配度）。

参考部分向检索，反向检索的有关内容：
http://bbs.instrument.com.cn/shtml/20100330/2470840/

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2010/6/23 15:07:47 板凳管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

原文由 symmacros(jimzhu) 发表:
请问楼主用什么方式检索或是工作站给出的这三项结果？

个人想，SI正向检索结果、RSI反向检索结果、Prob概率。文献上看到可信度有时候可能指某一检索的相似系数，即匹配概率或匹配率（匹配度）。

参考部分向检索，反向检索的有关内容：
http://bbs.instrument.com.cn/shtml/20100330/2470840/

我用的是Xcalibur软件，NIST谱图库

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2010/6/23 15:20:17 马扎管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

原文由 826beibei(826beibei) 发表:
原文由 symmacros(jimzhu) 发表:
请问楼主用什么方式检索或是工作站给出的这三项结果？

个人想，SI正向检索结果、RSI反向检索结果、Prob概率。文献上看到可信度有时候可能指某一检索的相似系数，即匹配概率或匹配率（匹配度）。

参考部分向检索，反向检索的有关内容：
http://bbs.instrument.com.cn/shtml/20100330/2470840/

我用的是Xcalibur软件，NIST谱图库

。另外，请问PBM是什么检索系统？我只知道NIST

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2010/6/23 15:30:33 地毯管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

原文由 826beibei(826beibei) 发表:
原文由 symmacros(jimzhu) 发表:
请问楼主用什么方式检索或是工作站给出的这三项结果？

个人想，SI正向检索结果、RSI反向检索结果、Prob概率。文献上看到可信度有时候可能指某一检索的相似系数，即匹配概率或匹配率（匹配度）。

参考部分向检索，反向检索的有关内容：
http://bbs.instrument.com.cn/shtml/20100330/2470840/

我用的是Xcalibur软件，NIST谱图库

请问你有PBM的资料吗？可不可分享一下？

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2010/6/23 18:39:06 地板管理分享倒序浏览只看楼主回复私聊

安捷伦的工作站使用PBM检索，属于反向检索。

关于 PBM
PBM 是指基于概率匹配（probability-based matching）的算法，该算法是由康奈尔大学的 Fred McLafferty 教授及其合作者共同开发的一个谱库检索程序。

该算法使用逆谱库检索来验证未知光谱中是否存在参比质谱中的峰。检索过程中忽略其他峰，从而实现对化合物混合物的质谱进行分析。

质谱的各个荷质比 (m/z) 值的出现概率并不相同，因此 PBM 算法同时使用质量值和丰度值来识别参比光谱中最有效的峰。向谱库添加质谱时，系统使用这些峰生成压缩参比光谱，以供 PBM 检索程序使用。

随后，检索程序中的预过滤器会为未知质谱中的每个峰分配有效性，并根据有效性在压缩参比质谱中查找最可能的匹配。程序使用上面提到的逆谱库检索对所选压缩光谱与未知质谱进行比较。当使用默认策略参数时，预过滤器可以将数据库中大约 95% 的化合物直接排除，极大地提高了检索速度。

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