AMDIS自动化质谱图解卷积和鉴定软件是一款非常优秀的解卷积，共流峰拆分数据处理软件。使用非常方便快速高效。NIST Search是一款非常好的质谱数据检索软件，同时附带不同格式数据库转换，质谱解析等功能。各种质谱（检索）软件必须使用自己的数据库，必须有相应的数据库来支持才能运行，数据库是必不可少。不同格式的数据库不能通用，必须经过转换后才能使用。虽然可以建立自己的用户数据库，但需要标样，不小的工作量，是一件不容易的事情。如果从别的格式的谱库进行转换就要省很多事情和时间。利用Amdis，NIST search，MSChemStation软件可以进行不同格式数据库的转换。本篇整理讨论如何把Amdis数据库整体转换为安捷伦的PBM库（XXX.L）。前面写过一篇“如何从小型PBM库整体转换Amdis库”，本篇是逆向相反的转换过程。

下面以NIST17所带的Amdis 2.73,NIST Search2.3和安捷伦的MS ChemStation F为例来介绍如何从Amdis数据库整体转换安捷伦的PBM库（XXX.L）。方法流程是利用Amdis的数据库转换功能，先把Amdis格式（*.MSL）转换成NIST Search格式（*.MPS）之后，再利用Lib2NIST Converter软件来转换NIST Search数据库格式文件（*.MPS）成HP JCAMP File(.HP)数据库文件，最后在MS ChemStation软件进行JCAMP Text Filename转换成BPM格式（XXX.L）数据库格式。

1． Amdis的MSL格式数据库文件转换NistSearch的MSP格式数据库文件

启动amdis软件，打开Amdis软件（在程序栏直接启动或MS ChemStation菜单打开）。

在Amdis的Library菜单下面选择Library Transfer…

在Library菜单左面选择正确的路径和名称，打开需要转换的amdis格式数据库文件，例如NISTFF.msp数据库文件，这个是Amdis自带的香精香料示例文件，比较小，共有991个香精香料化合物。

图 1 调用Amdis数据库文件

创建新的MSP文件，例如nistff.MSP。

在Library菜单右面选择正确的路径和名称，调用需要转换的已经存在的NIST search文件或者创建新的MSP(Simple MS File / MassSpectral Transfer File )格式数据库文件，例如NISTFF.msp库文件。

图2 创建新的MSP文件

选择左面NISTFF.msp数据库文件的所有化合物

图 3 选择化合物

点击中间的Transfer按钮，转换所选定的化合物到nistff.msp。

图4 转换

完成转换后，记住转换文件的路径目录，例如C:\NIST08\AMDIS32\nistff.msp或存入NIST Search的目录下，后面使用更方便。

2. 转换Nist Search的MSP格式数据库文件格式到HP JCAMP File (.HP)数据库文件

启动Lib2NIST Converter

可以从Windows10的程序栏（start）的Lib2NISTConvert或NIST17文件夹的Lib2NIST 点击启动。

图 5 启动Lib2NISTConvert

点击Add Input Library/Files，在相应的目录下选择刚才的nistff.msp文件

图 6 输入数据库文件

点击Open

图 7 打开

在输出格式Output Format下面选择HP JCAMP File (.HP)

图 8 选择文件格式

点击Convert

可以在C:\...\mssearch文件夹里面看到nistff.HPJ了。

图 9 数据库文件目录

3． JCAMP Text Filename转换成BPM格式（XXX.L）数据库格式

开启安捷伦的MS ChemStation工作站，在视图/View菜单选择参数检索/parametric retrieval。

在出现的对话框后，点击取消/cancel。

在library菜单选择ReadJCAMP file…。在Enter JCAMP Text Filename对话框，找到nistff.HPJ数据库文件（在database目录下面）。点击打开/open。

在Enter New Library filename对话框输入文件名，例如nistff，确定。在工作站下面的进度条可以看到Reading entry xxx……。

出现finished! Translated 991 entries，点击确定。这样就把JCAMP文本格式数据库文件变成MS ChemStation可读的BPM格式数据库文件了。

图10 转换BPM格式数据库文件

注意，新生成的转换安捷伦格式的xxx.L不是在X（盘符）:\database的目录下面，而是在X:\gcms\msexe下面（F版工作站）或X:\msdchem\msexe(E版及以下版本工作站)。把nistff.L拷贝到X:\database的目录下面。

这样选择nistff.L数据库就可以检索使用了。