主题:请问有做生物大分子核磁谱图的么?

浏览0 回复12 电梯直达
kathyjovi
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请问做生物大分子,如多肽和蛋白,一般浓度为多少比较合适?
是否需要用H2O/D2O=90%:10%做溶剂?D2O不会把活泼H交换掉么?
是否需要做与生理条件类似的缓冲溶液?
二维COSY/TOCSY/NOESY或ROESY谱图怎么压水峰?
一般做NOESY的时候混和时间取多少比较合适?
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bit6320011
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sslin
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北京核磁中心 (在北大校园内) 主要做生物大分子的检测.
freeboy77
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>请问做生物大分子,如多肽和蛋白,一般浓度为多少比较合适?
1mM左右。在没有聚合的情况下,越高越好

>是否需要用H2O/D2O=90%:10%做溶剂?D2O不会把活泼H交换掉么?
不是必须的。10%的D2O只会交换掉少部分的活泼氢,影响不大。而且可以降至5%

>是否需要做与生理条件类似的缓冲溶液?
不一定。根据样品需要。

>二维COSY/TOCSY/NOESY或ROESY谱图怎么压水峰?
很多种方法,取决于你使用的程序。常见的有预饱和,3919等

>一般做NOESY的时候混和时间取多少比较合适?
取决于分子量大小。小肽可以做到400-500ms,100氨基酸的大分子在100ms左右

另外,二维谱1H解析蛋白质,通常最多只能做到70个氨基酸大小的蛋白
更大的需要使用同位素标记,三维谱
zxw507
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freeboy77
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原文由 zxw507 发表:
生物大分子,比较难做好像


其实并不是难做,而是有一套和做小分子完全不同的方法策略

对于做大分子的人来说,做小分子也是比较难的,因为两者方法上有太多不同
netpanda
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原文由 freeboy77 发表:
>请问做生物大分子,如多肽和蛋白,一般浓度为多少比较合适?
1mM左右。在没有聚合的情况下,越高越好

>是否需要用H2O/D2O=90%:10%做溶剂?D2O不会把活泼H交换掉么?
不是必须的。10%的D2O只会交换掉少部分的活泼氢,影响不大。而且可以降至5%

>是否需要做与生理条件类似的缓冲溶液?
不一定。根据样品需要。

>二维COSY/TOCSY/NOESY或ROESY谱图怎么压水峰?
很多种方法,取决于你使用的程序。常见的有预饱和,3919等

>一般做NOESY的时候混和时间取多少比较合适?
取决于分子量大小。小肽可以做到400-500ms,100氨基酸的大分子在100ms左右

另外,二维谱1H解析蛋白质,通常最多只能做到70个氨基酸大小的蛋白
更大的需要使用同位素标记,三维谱

长见识了,谢谢!
dearfatlin
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原文由 freeboy77 发表:
>请问做生物大分子,如多肽和蛋白,一般浓度为多少比较合适?
1mM左右。在没有聚合的情况下,越高越好

>是否需要用H2O/D2O=90%:10%做溶剂?D2O不会把活泼H交换掉么?
不是必须的。10%的D2O只会交换掉少部分的活泼氢,影响不大。而且可以降至5%

>是否需要做与生理条件类似的缓冲溶液?
不一定。根据样品需要。

>二维COSY/TOCSY/NOESY或ROESY谱图怎么压水峰?
很多种方法,取决于你使用的程序。常见的有预饱和,3919等

>一般做NOESY的时候混和时间取多少比较合适?
取决于分子量大小。小肽可以做到400-500ms,100氨基酸的大分子在100ms左右

另外,二维谱1H解析蛋白质,通常最多只能做到70个氨基酸大小的蛋白
                                  ~~~~~~~~~~~~
                      同核谱真的可以达到70个吗??在600MHz谱仪实际操作中50个好像已经很难了


更大的需要使用同位素标记,三维谱
freeboy77
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>>另外,二维谱1H解析蛋白质,通常最多只能做到70个氨基酸大小的蛋白
>>                                  ~~~~~~~~~~~~
>>        同核谱真的可以达到70个吗??在600MHz谱仪实际操作中50个好像已经很难了

原则上是可以的,当然也取决于蛋白质的性质
比如Biochemistry 1998, 37, 9641-9649  是80个氨基酸
Eur. J. Biochem. 258, 502-514 (1998)是77个氨基酸
不过这两个使用了750M和800M的谱仪
Biochemistry 1992, 31, 1011-1020是78个氨基酸在500M上做的

国内生物物理所的Biochimica et Biophysica Acta 1594 (2002) 353-363也做了62个氨基酸的蛋白,使用600M

在PDB中搜索一下应该还有很多同核二维做到70个氨基酸的例子
nmrviewer
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原文由 freeboy77 发表:
>>另外,二维谱1H解析蛋白质,通常最多只能做到70个氨基酸大小的蛋白
>>                                  ~~~~~~~~~~~~
>>        同核谱真的可以达到70个吗??在600MHz谱仪实际操作中50个好像已经很难了

原则上是可以的,当然也取决于蛋白质的性质
比如Biochemistry 1998, 37, 9641-9649  是80个氨基酸
Eur. J. Biochem. 258, 502-514 (1998)是77个氨基酸
不过这两个使用了750M和800M的谱仪
Biochemistry 1992, 31, 1011-1020是78个氨基酸在500M上做的

国内生物物理所的Biochimica et Biophysica Acta 1594 (2002) 353-363也做了62个氨基酸的蛋白,使用600M

在PDB中搜索一下应该还有很多同核二维做到70个氨基酸的例子

顶!
受益非浅。请问你用那套软件来处理、分析、指认和计算?谢了。
freeboy77
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原文由 nmrviewer 发表:
原文由 freeboy77 发表:
>>另外,二维谱1H解析蛋白质,通常最多只能做到70个氨基酸大小的蛋白
>>                                  ~~~~~~~~~~~~
>>        同核谱真的可以达到70个吗??在600MHz谱仪实际操作中50个好像已经很难了

原则上是可以的,当然也取决于蛋白质的性质
比如Biochemistry 1998, 37, 9641-9649  是80个氨基酸
Eur. J. Biochem. 258, 502-514 (1998)是77个氨基酸
不过这两个使用了750M和800M的谱仪
Biochemistry 1992, 31, 1011-1020是78个氨基酸在500M上做的

国内生物物理所的Biochimica et Biophysica Acta 1594 (2002) 353-363也做了62个氨基酸的蛋白,使用600M

在PDB中搜索一下应该还有很多同核二维做到70个氨基酸的例子

顶!
受益非浅。请问你用那套软件来处理、分析、指认和计算?谢了。


我在两个地方待过,用的软件不同,看各个实验室的习惯了:
第一个: 处理-nmrPipe,分析指认-NMRView,结构计算-CYANA,Amber
第二个:处理分析指认-FELIX,结构计算-CYANA,CNS

Protocol一旦建立了,都是很好用的。如果没有现成的,自己弄会很麻烦,需要很好的计算机基础
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