对于液质分析来说,选择色谱柱时需要考虑分离度、流速和固定相的选择等多方面因素。对于简单的样品,可使用较短的高分离度色谱柱,这些色谱柱适合高通量分析,同时还具有较高的分离度。对于更复杂的样品,应该尝试较长的色谱柱。在液质分析方法开发时,大多数分析人员都将反相液相色谱作为主要分析技术。反相色谱柱适用于分析离子型、非离子型、极性和非极性化合物,并且大多数化合物可以优先选择通用型反相色谱柱C18柱进行分析。对于强极性化合物可以选择HILIC柱进行方法开发。
液质分析一般使用的多是柱长为50 mm~100 mm的色谱柱。色谱柱的内径越小柱效越高,被测物谱带更加集中,可以得到更窄、更高效的色谱峰,质谱灵敏度越高。但柱容量同时随着柱内径的减小而降低,允许的进样量就越小。色谱柱的粒径越小,分离越快,柱效越高。但柱压力越高,柱容易被污染,导致柱寿命降低。在选择色谱柱时应充分考虑液相色谱仪的性能,选择合适规格的色谱柱,充分发挥色谱柱效能,提高分析方法的色谱性能。