主题：【分享】REW软件（HRTEM像模拟与出射波函数重构软件）08.11.16改进版

哈哈，你在这儿就把想问的问题都问了。
利用相位补偿互相关方法计算的离焦间隔和两张像之间的漂移量的可信度有多大？怎样选择合适的离焦搜索范围？起始离焦量的确定有什么好方法吗？

image shift的问题很讨厌的，有的时候程序是纠正不过来的，必要的时候用眼睛，虽然比较难……，另外一个办法就是先重构一些对中非常有把握的图像，然后再一张一张的模拟，然后再加进去重构。
如果是已知结构，或者大概已知的结构，如果开始重构总是结果不好，并且怀疑是defocus不准，用模拟的方法先找大致的defocus.

还有一个决定重构波函数挺重要的操作就是要纠正absolute defocus。这个用correct asti的那个菜单点出来的。因为absolute defocus的值通常都是不准的，大概2nm的差距就会让你的结果看得挺不一样了。

如果有具体的问题可以发邮件问我，我会尽量给解决的，不用客气的。

好的，明天我再试试，到时候有问题再向你请教。

汗，我不怎么爬上来的，因为昨天发了软件，今天就比较关心的来看看。哈哈

PC-PCF方法计算的话，如果非晶包含的足够，精确度能高。按我自己做的经验，尽可能的还是拍摄离焦条件近的图像吧，大约间距2nm左右，不要太大，这样用MCF和XCF方法都可以做的。小离焦间距下，其实我并没有觉得PCF或者PC-PCF有太大的优势的，个人见解啊，也许我说的不对。

现在的软件里面，PC-PCF方法的那个对话框，我加进了个光栏选择，就是在算相关的时候只选择小的光栏截住较低频的信息来做，这样精度能高些。（不过，哈哈，我自己最近已经不怎么用PC-PCF方法的那个菜单，最近在帮同学处理一套像的时候。我一般让同学就拍2nm间距的图像系列，然后再用现在新加的一个ali series一批的处理了，其中没有PC-PCF方法……）

你问的离焦范围搜索的问题，我自己做起来其实经验不多的。我拿的是同学CS校准器下的图像，而且基本是小离焦间距了，所以值的话，我想差的不会太大吧……另外，我是能先模拟就先模拟，再大致定值的范围，如果偏差一点的话，比如说零点几纳米的话，重构出来的像很难说到底哪个好。要不我才不会辛辛苦苦的在软件里又写了模拟的程序，嘿嘿

起始离焦量的确定，如果按照汤栋96年的文章来看的话，是以振幅像的STD最小、相位像统计标准方差最大来判别的。一般我都是前后拉-6到6nm左右，按图像的可能情况来定，如果拉的absolute focus再大的话我就比较怀疑这个结果了，或者就想办法的对对非晶啦……，其实最好的方法还是先自己模拟一下！

个人觉得你的程序成功率还是很高的，比商业的MacTempas要高。
但是对于文献中的各种处理方式，我总觉得
另外一个问题，模拟的时候一般考虑加非晶在下面不？如果加的话，非晶咋弄的？

成功率高应该差不多吧，你们后来有用MacTempas再构一次吗？我想改成那天我们算的时候条件，应该也能成功的。


我从来没有做过非晶的模拟……比较weak，
如果是要以模拟像对实验像的话，考虑到非常精确的情况，也许需要？
如果是以重构为目的的话，稍微看下晶体结构细节对得上否就可以了。

加在上和加在下应该是一样的吧，我想，因为都是投影来的，只是计算的时候非晶层多进行了点Fresnel。专门放在模拟里面我没用过。
给你这个脚本吧，是DM里面模拟非晶的。你可以看看参考下，哈，是随机数做的。

/*----------------------------------------------------------------------------------------

Hit ctrl-enter to execute.

Description:

    This script creates an image resembling a TEM image of an amorphous specimen
    by filtering a random image with a band pass filter.
    
    Copyright ?2001 Gatan Inc.

------------------------------------------------------------------------------*/


// Set the height and width of the destinantion image
    number width = 512, height = 512                               

// Create an image of the same size and fill with random signal
    image randomImage := RealImage("image", 4, width, height)       
    randomImage = Random()                                           

// Create another image of the same size to contain the square of the Fourier frequency
    image freqSquared := RealImage("Frequency Squared", 4, width, height)

// Set the values of the image to the square of the distance from the image centre (in pixels)
// i.e. the Fourier frequency        
    freqSquared = (icol-(width/2))*(icol-(width/2)) + (irow-(height/2))*(irow-(height/2))   
   
// Create a complex image of the same size to be a filter
    complexImage filter := ComplexImage("Filter", 8, width, height)   

// This conditional argument sets the real part of all pixels in the filter image to unity
// iff the value of the corresponding pixel in the frequency squared image falls within
// the specified values. Else the pixel is set to zero.
    filter = (freqSquared > 100 && freqSquared < 1000) ? complex(1, 0) : complex(0, 0)           

// FFT the randomimage, filter using the filter image, and take the inverse
//transform to yield an 'amorphous' image
    image filteredImage := RealIFFT( RealFFT( randomImage ) * filter )       

// Finally, set the image name... and display it.
    FilteredImage.Setname("Simulated Amorphous Image")               
    ShowImage( filteredImage )

没有用MacTempas做过，只是听说别人做过，10％的成功率。那个非晶的script我好像有。
btw：我觉得在国内很少有人自己写套软件的吧，呵呵。

能否重构主要看图像数据吧，能重构出来的数据放任何一个软件都是能算出来的。你们是不是觉得你们那套蛮幸运的，重构一次就出来了，，其实是你师兄数据拍的好，真的是很漂亮的像来的。

很好奇对于间断点，比如说-派到派的跳跃，算法中怎么解决？

原文由 zdlkkk 发表:
很感谢楼主，下载了。正在看menu,要是有建议的话发信给你。
有个问题，附件中的文件没有后缀，应该是.rar?

可以给我传一下么》我下不下来。