1. isolationwindow表示做下一级质谱时，母离子的隔离宽度。比如，一级母离子是609，隔离宽度是1，就是在离子阱里只保留609+-0.5范围内的离子用来做二级。可以看出来，窗口设的越大，保留的离子就越多，信号就越强。但是，过大的话，就会把其他的离子包含进去了。所以，这个数值的设定要平衡信号强度和谱图的“纯净度” 2. 关于二级的稳定度。在排除仪器故障的前提下，很大程度上和化合物自身性质有关。比如一些甾体化合物，在碰撞能超过一定值后才开始碎裂，但是碎裂的非常没有规律，也不稳定。有时候只好拿二级全扫描做为定量的依据。 3. 关于这方面的资料，实用的资料就是各家的说明书。想务虚一些的，可以考虑这本书：Practical Aspects of Trapped Ion Mass Spectrometry（I~V) https://www.crcpress.com/Practical-Aspects-of-Trapped-Ion-Mass-Spectrometry-Volume-V-Applications/March-Todd/9781420083736 或者： Quadrupole Ion Trap Mass Spectrometry, 2nd Edition http://as.wiley.com/WileyCDA/WileyTitle/productCd-0471488887.html
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