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主题：【第十六届原创】常规蛋白组学分析方法

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小矮马发表于：2023/10/08 23:10:42 楼主 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
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常规蛋白组学分析方法

蛋白质组学是中心法则的下游，因此它要比基因组学更加复杂。和以相对稳定的方式存在的基因组比较，蛋白质组会由于蛋白质和基因的多种生化反应以及环境的影响而发生多种改变。首先计算并比较两组中三种样品之间蛋白质的差异表达状况，然后计算每组样品中蛋白质差异表达的显著性P值，选定表达差异倍数大于1.5倍或小于0.67倍且P-value（significance A）小于0.05的蛋白质界定为差异表达蛋白质。通过基因本体数据库（Gene Ontology，GO）分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes，KEGG）通路富集分析进行相关生物信息学分析。

1 火山图

火山图可查看蛋白在两组样品中表达水平的差异以及差异的统计学显著性。图中每一个点表示一个蛋白，横坐标表示某一个蛋白在两样品中表达量差异倍数的对数值;纵坐标表示P-value的负对数值。横坐标绝对值越大，说明表达量在两样品间的表达量倍数差异越大;纵坐标值越大，表明差异表达越显著，筛选得到的差异表达蛋白越可靠。

2 热图

差异表达蛋白层次聚类分析热图：前三列代表对照组样品，后三列代表实验组样品。红色代表与对照组相比表达上调的蛋白，蓝色代表下调的蛋白。颜色亮度的深浅代表差异表达蛋白表达上调或下调的程度。

3 在对目标蛋白质集合进行GO注释或KEGG通路注释的富集分析时，使用 Fisher精确检验来比较每个GO分类或KEGG通路在目标蛋白质集合和总体蛋白质集合中的分布情况，然后再评价某个GO term或KEGG通路蛋白质富集度的显著性水平。
附件：
2-7 常规蛋白组学分析方法.docx(未验证)
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