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主题：【第三届原创参赛】NIST检索初学笔记

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symmacros
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发表于：2010/09/19 23:29:23 楼主 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
该帖子已被capinter设置为精华；

维权声明：本文为jimzhu原创作品，本作者与仪器信息网是该作品合法使用者，该作品暂不对外授权转载。其他任何网站、组织、单位或个人等将该作品在本站以外的任何媒体任何形式出现的，均属侵权违法行为，我们将追究法律责任。

NIST检索初学笔记


Nist Search以前稍微看过，知道一点，和网友在气质版面的帖子中也进行过少量交流探讨，也听了郭相坤老师的NIST库检索的使用技巧的某些演示（第一届质谱技术网络研讨会：NIST库检索的使用技巧），现在整理一下自己初步学习有关内容，进一步来和大家交流探讨一下。

Nist Search （NIST MS Search 2.0）检索提供谱库检索，图谱解析，同位素计算等多种功能，对质谱检索及解析很有帮助，非常好的质谱工具。

软件的安装比较容易，放入NIST05或NIST08安装光盘，按提示一步一步操作即可。一种是在嵌入链接在安捷伦等工作站里面，一种是单独安装。


内容如下：

一.启动NIST检索

二.NIST 谱库检索（Library Search）

三.NIST谱图解析（MS Interpreter）

四.同位素计算（Isotope Calculator）

五．需要请教网友的问题

该帖子作者被版主 新窦加 15积分， 2经验，加分理由：参与奖
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jimzhu
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2010/9/19 23:29:48 沙发 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
一．启动NIST检索



1.    从程序栏的NIST Mass Spectral Database的MS Search v2.0进入Nist Search



1.    从安捷伦的工作站的DATA ANALYSIS（数据分析）的Spectrum菜单的Nist Search进入（要首先选某处的质谱图）



3．从Amdis导入

在Amdis的谱图上按鼠标右键，NIST Library----Go to Nist MS Search Program


NIST MS Search 2.0的界面：
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2010/9/19 23:40:40 Last edit by jimzhu
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2010/9/19 23:29:56 板凳 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
二.NIST 谱库检索（Library Search）



1.未知物的检索




可以通过按鼠标右键进行有关切换。



这是NIST谱库与化学工作站链接进行检索的一种方式。其检索的匹配用正向和反向两种方法表示。



质谱数据库（MS Library）:



主谱库（Mainlib), 主要EI MS库， 重建谱库（replib）, 保留指数库（nist ri）,  MS/MS谱库(nist msms)，自建谱库等。

在NIST检索的结果里有Match（正检索匹配度，derect match), R . Match(逆检索匹配度，reverse Match）和Prob(概率, Probability)三个值。

其中Prob的值是从假定此化合物是在数据库中，以及仅仅依赖在命中列表中的邻近命中的差别得出。它从分析用主库（Mainlib)检索的结果与一组重建质谱图（在重建谱库给出）得出。

计算正向检索（标准库的峰与未知谱对照，看看谱库中是否存在与未知谱相同的参考谱图）的相似系数，即匹配概率或匹配率（匹配度）。计算反向检索（未知谱的峰与标准库对照，看看标准谱中的各质量峰是否出现在未知谱中。忽略在谱库不存在的未知谱上的峰。）的相似系数，即匹配概率或匹配率（匹配度）。

在NIST检索中匹配率最大为1000（相当PBM中100）。最好的结果是999，无峰的谱图是0。一般讲，900或更高，极好匹配; 800-900，良好匹配；700-800，尚可；低于600，差。

对正向检索来讲，任何峰只要在未知谱或标准谱中之一出现，都会降低匹配值。对反向检索而讲，任何峰只要在标准谱出现，而未知谱中没有，也会降低匹配值。

如果正向的匹配率低，反向的匹配率高，说明未知峰谱可能是混合物的谱图，或者本底干扰严重。



估计保留指数Estimated Kovats RI: Value: （例如丙二醇 724 iu）是从化合物的化学结构自动估计而来，稍有参考价值。而后面的文献的RI值是比较准，具有参考价值。
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2010/9/20 13:06:05 Last edit by jimzhu
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2010/9/19 23:32:15 马扎 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
2. 通过化合物名称、CAS号、分子式，分子量，任一离子峰等信息检索


在Search菜单下选择：

例如输入化合物名称（Name）（EthylButyrate）



例如输入CAS No 683117-0




任一离子峰检索（Any Peaks Search）



选择要检索的离子及其丰度范围，按accept，Search：


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2010/9/19 23:53:53 Last edit by jimzhu
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2010/9/19 23:32:27 地毯 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
三.NIST谱图解析（MS Interpreter）



从Tools菜单下选择Mass Spectrum Interpreter进入谱图解析，即可出现谱图解析窗口。




或者在结构式窗口点击右键，从下拉菜单中选择 send to mass spectrum interpreter ,即可出现谱图解析窗口。






或者从开始程序的MS Interpreter直接进入。

谱图解析窗口如下：
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2010/9/20 13:07:59 Last edit by jimzhu
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2010/9/19 23:32:48 地板 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
在下面的谱图上小红三角符号表示该化合物的分子量。拖动鼠标可以看到从分子峰到鼠标所在处丢失的质量数。点击鼠标则把该质量数标识出来。

在谱图上点击右键可以看到断裂的碎片及其质量数等信息。例如71质量离子。



在结构图上点击左键，可以看到断裂的碎片及其质量数（m/z, formula,loss,type等）。
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2010/9/20 0:02:58 Last edit by jimzhu
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2010/9/19 23:33:22 6楼 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
四.同位素计算 （Isotope Calculator）



点击Tools/ Isotope Calculate出现同位素计算窗口。




输入化合物分子式即可得到相应的同位素丰度。例如输入C6H12O2，可以看到：



质量数 丰度       

116    100.00，

117    6.91819

118    0.60327

119    0.03082

以及120,121同位素的丰度



可以点击在某一质量数上点击，就可以把这个质量数的丰度作为100，其它质量数与其进行比较计算出相当丰度。即Max值。



再举个例子：C3H12Br



可以在Option菜单或通过左边的工具栏选择进入其它功能。

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2010/9/20 0:05:32 Last edit by jimzhu
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2010/9/19 23:57:44 7楼 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
例如选Formula Entry，在Formula中输入C6H12O2，则计算出分子量MW=116




例如选Element Entry，在Mass输入116，在Element输入COH三种元素，就可以看到离子式，奇偶性，环加双键值及元素个数的有关信息。
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2010/9/20 0:10:35 Last edit by jimzhu
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2010/9/20 0:07:55 8楼 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
五．需要请教网友的问题



1. 想请教大家，如何导入质谱数据文件？

我是在安捷伦的工作站上安装Nist Search软件（嵌入整合到安捷伦里面），并从安捷伦的质谱数据分析（Data Analysis)的Spectrum菜单下的Nist Search进入Nist Search2.0的软件，来分析质谱数据。想请教大家，如果单独启动NIST Search的话（不通过安捷伦的工作站），质谱数据文件如何导入或调入到NIST Search里面？或者你们是怎样进入NIST Search的？谢谢。

用过一种方法是，从Amdis中进入Nist Search。Amdis是能够独立运行的软件。这样就不需要工作站。但Nist Search能不能单独运行还是不知道。

2. 除重建谱库是从主谱库复制而来， 数量少外，（Mainlib)和重建谱库（Replib）还有什么区别？

3. 只知道Estimated Kovats RI是从化合物的化学结构，如醇的结构，醛的结构等自动估计而来。请问哪位朋友知道是什么依据，计算公式来估计的？请问这个计算的原理，具体怎样计算，依据什么参数？

例如下面是丙二醇的估计保留指数。

Estimated Kovats RI:
Value: 724 iu
Confidence interval (Alcohols):  41(50%) 176(95%) iu

这里面的数字41(50%) 176(95%)是怎么来的？
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2010/9/20 13:09:45 Last edit by jimzhu
论坛版主招募|新窦
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2010/9/20 13:36:20 9楼 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
很好的作品，希望更多的版友能够有“第一届质谱技术网络研讨会”听后感、学习心得的作品来参赛，我们极力支持。
欢迎大家来解答8#楼的问题，我们将给积极解答者积分奖励。
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007爵士
jardz
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2010/9/20 13:55:37 10楼 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
这个先标记一个，慢慢学习学习
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