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主题：【已应助】基于LCMSMS的质谱分子网络

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小阿杜
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发表于：2021/06/07 21:21:50 楼主 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
各位老师好！请问有没有用GNPS创建过质谱分子网络的，说是用MSMS数据，waters的MSe数据转换成mzML可行吗？我转换格式后上传，做出来的网络图很少是怎么回事呢？
推荐答案：歪果仁zZ回复于2021/06/09
建议参考一下这篇文献Wang M X, Carver J J, Phelan V V, et al. Sharing and community curation of mass spectrometry data with lobal Natural Products Social Molecular Networking[J]. Nat Biotechnol, 2016, 34(8): 828-837.，2014 年，全球天然产物社会分子网络（Global Natural Products Social Molecular Networking ，GNPS）数据库（http://gnps.ucsd.edu）正式开放使用，为广大科研团体提供了开放性的知识平台，可以免费共享原始的、处理后的以及鉴定的MS/MS质谱数据，能够加速促进未知化合物的指认。目前，GNPS 已经收录了22 644 个化合物和235 850 个谱图，这些化合物和谱图的来源主要有3 个：（1）第3 方数据库MassBank、HMDB、ReSpect、NIST（2014）；（2）Dorrestein 实验室和Sirenas MD 单位采集的化合物和谱图；（3）全球多个科研群体提供的化合物和谱图。GNPS 质谱数据库不仅具有鉴定已知化合物（ dereplication ）、类似物（ variable dereplication）和自动分析MN 中化合物的功能，还具有对多来源的MS/MS 数据进行存储管理及更新数据的功能。作为算法和数据库，MN 和GNPS类似于在DNA 和RNA 研究领域具有重要影响的BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）和GenBank。
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2021/6/8 12:00:51 沙发 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
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歪果仁zZ
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2021/6/9 6:27:44 板凳 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
建议参考一下这篇文献Wang M X, Carver J J, Phelan V V, et al. Sharing and community curation of mass spectrometry data with lobal Natural Products Social Molecular Networking[J]. Nat Biotechnol, 2016, 34(8): 828-837.，2014 年，全球天然产物社会分子网络（Global Natural Products Social Molecular Networking ，GNPS）数据库（http://gnps.ucsd.edu）正式开放使用，为广大科研团体提供了开放性的知识平台，可以免费共享原始的、处理后的以及鉴定的MS/MS质谱数据，能够加速促进未知化合物的指认。目前，GNPS 已经收录了22 644 个化合物和235 850 个谱图，这些化合物和谱图的来源主要有3 个：（1）第3 方数据库MassBank、HMDB、ReSpect、NIST（2014）；（2）Dorrestein 实验室和Sirenas MD 单位采集的化合物和谱图；（3）全球多个科研群体提供的化合物和谱图。GNPS 质谱数据库不仅具有鉴定已知化合物（ dereplication ）、类似物（ variable dereplication）和自动分析MN 中化合物的功能，还具有对多来源的MS/MS 数据进行存储管理及更新数据的功能。作为算法和数据库，MN 和GNPS类似于在DNA 和RNA 研究领域具有重要影响的BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）和GenBank。
附件：
LC_MS_MS分子网络及其对中药研究的启发_程桃芳.pdf
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2022/4/8 23:16:24 马扎 管理 分享 倒序浏览 只看楼主 回复 私聊
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